Jan Pruijn był przez wiele szefem AJAX Amsterdam International Youth Development, gdzie był współautorem programu rozwoju młodzieży w Ajax Amsterdam. Od zakończenia pracy jako szef AAIYD, konsultant wielu federacji piłkarskich i klubów na całym świecie: m.in. w Japonii (Urawa Reds), w Chinach (Chińska Federacja Piłki Nożnej), w Hiszpanii (Real Sociedad), w Portugalii (FC Porto), w Szwajcarii (FC Basel) i w kilku klubach w Anglii.

W każdym z tych krajów odkrył wielu utalentowanych juniorów. Posiada najwyższe kwalifikacje trenerskie the Royal Dutch Soccer Federation (Holenderski Związek Piłki Nożnej).  Obecnie szef skautingu FC Everton. Był jednym z głównych prelegentów na konferencji PZPN "Szkolenie dzieci i młodzieży na świecie" w październiku 2010.